Доходы порта зависят от того, насколько интенсивен грузовой поток по железной дороге. Эффективная работа железнодорожного транспорта, при которой исключены простои поездов в портах, зависит от того, какие объемы груза и как быстро порт может принять или наоборот перегрузить на поезда. Артём Евланов, генеральный директор ООО "ИНТЭК-Строй", выделяет следующие проблемы на перевалочных пунктах железная дорога - порт. Первая- пропускная способность портов не справляется с притоком грузов по железной дороге. Вторая причина – груз по железной дороге не поступает вовремя или железнодорожники не в состоянии быстро забрать прибывшие морем контейнеры.

Для максимального использования всех резервов пропускной способности на стыке «железная дорога» - «порт» грузопоток должен быть синхронизирован. Необходимо развивать электронную систему планирования и контроля грузоперевозок. Логистика должна контролироваться современными технологиями. Например, такая система уже работает в Новороссийском порту с 2017 года. Суть процесса заключается в том, что происходит автоматическое формирование плана доставки грузов в порт. Перед тем, как такая автоматическая система заработала, Новороссийский порт и РЖД заключили соглашение и разработали схему взаимодействия своих автоматизированных систем. Благодаря этому за первые три месяца 2018 года количество разгруженных вагонов выросло на 11% по сравнению с нужно автоматизировать контроль логистических процессов на перевалочных пунктах «железная дорога» - «порт», а также расширять подъездные железнодорожные пути. В настоящее время достаточно много так называемых «узких» мест на железной дороге при подъезде к портам.

Проблема многих портов заключается в том, что они зависят от природных условий. Например, во время шторма грузы не отправляются морем, они лежат на складах. Новые партии грузов, прибывающие по железной дороге, не могут быть приняты портами, так как склады заняты. Следовательно, необходимо строительство промежуточных складов, куда будут направляться грузы на время шторма, а также обеспечение бесперебойного энергоснабжения на данных объектах.

Также есть особенности при транспортировке некоторых видов грузов в зимнее время. Например, для перегрузки замороженного угля требуются системы прогрева, следовательно, требуется установка дополнительного котельного и нагревательного оборудования; бурорыхлительная техника и вагоноопрокидыватели. Однако только 4 из более чем 20 специализированных терминалов имеют такое оборудование. Помимо этого, некоторые грузы могут храниться исключительно при плюсовой температуре, поэтому возникает необходимость в прокладке теплотрасс от котельных до складских помещений с целью создания необходимых внешних условий. Все это невозможно без расширения систем энергоснабжения портов.